In seltenen Fällen kann es vorkommen, dass eine File-Geodatabase beschädigt wurde und nicht mehr geöffnet werden kann. Dieses Problem tritt in der Regel auf, wenn Dateien im Verzeichnis der File-Geodatabase gelöscht wurden. Häufig handelt es sich bei diesen Dateien um Systemschematabellen (enthalten die Dateinamen) und Geodatabase-Metadaten (GDB-Dateien), die die Beziehungen und komplexen Datentypen definieren (Topologien, geometrische Netzwerke usw.). Das Werkzeug File-Geodatabase wiederherstellen öffnet die einzelnen Tabellen im Verzeichnis der beschädigten File-Geodatabase, liest den Datei-Header und erstellt eine Kopie der entsprechenden Tabelle in einer neuen File-Geodatabase. Wenn die Systemschematabellen noch vorhanden sind, werden die Tabellennamen beibehalten. Sollte dies nicht der Fall sein, werden Namen zugewiesen.
Das Werkzeug File-Geodatabase wiederherstellen kann nur einfache Feature-Classes (Punkt, Multipoint, Polylinie, Polygon) und Tabellen wiederherstellen. Komplexe Daten (Annotation, Raster-Datasets, Netzwerk-Datasets, geometrische Netzwerke usw.) sowie Beziehungen werden nicht wiederhergestellt.