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Las reglas topológicas pueden representar una situación ideal, pero las geodatabases son lo suficientemente flexibles como para controlar las excepciones a las reglas que se encuentran en los datos del mundo real. Las infracciones a las reglas topológicas se almacenan inicialmente como errores en la topología pero, donde sea apropiado, puede marcarlas como excepciones. Después de esto, las excepciones se ignoran, aunque puede devolverlas al estado de error si decide que de hecho son errores y que las entidades se deberían modificar para cumplir con las reglas topológicas.
Las excepciones son una parte normal de la creación de datos y el proceso de actualización. Una geodatabase de asesor podría tener una regla topológica que requiera que las entidades de creación no crucen las líneas de parcela como un control de calidad para el esfuerzo de digitalización de creación. Esta regla podría ser verdadera para el 90 por ciento de las entidades de la ciudad, pero algunas viviendas de alta densidad y edificios comerciales la podrían infringir.
Si crea una entidad de creación de condominio que cruza los límites de parcela, será considerada un error cuando valide las modificaciones, pero puede marcarla como una excepción legítima a la regla. Del mismo modo, una base de datos de calles para una ciudad podría tener una regla cuyas líneas de centro se deben conectar en los dos extremos con otras líneas de centro. Esta regla comúnmente garantizaría que los segmentos de calles se alinean correctamente con otros segmentos de calles durante la edición. Sin embargo, en los límites de la ciudad, es posible que no tenga datos de calles. Aquí es posible que los extremos externos de las calles no se alineen con otras líneas de centro. Estas casos se podrían marcar como excepciones, y aun podría utilizar la regla para buscar casos en los que las calles se digitalizaron o editaron incorrectamente.