Un paquete esquema exige que todas las capas hagan referencia a los datos de la misma geodatabase.
Soluciones
En la tabla de contenido de ArcMap, haga clic en el botón Lista por fuente 
para agrupar las capas por geodatabase. Tiene las siguientes dos opciones para resolver este error:
- Crear un paquete de esquema por geodatabase. Seleccionar todas las capas enumeradas en cada geodatabase y crear un paquete de capas de sólo esquema.
- Copiar todos los datos a una sola geodatabase y actualizar las fuentes de datos de todas las capas que hacen referencia a los datos en la nueva geodatabase antes de crear un paquete de capas de sólo esquema.
Más información
Los paquetes de esquema se utilizan principalmente para compartir las mejores prácticas relacionadas con el diseño de geodatabases y representación visual de datos que incluyen propiedades de aspectos de capa, como la simbología, escala, etc. Para evitar cualquier problema con referencias espaciales incoherentes (después de abrir el paquete) que pueda surgir si los datos se distribuyen a través de varios espacios de trabajo, los paquetes de esquemas requieren que todas las capas hagan referencia a los datos de la misma geodatabase antes de crear un paquete de esquema.