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Les règles de topologie peuvent représenter une situation idéale, mais les géodatabases sont suffisamment flexibles pour gérer les exceptions aux règles trouvées dans les données réelles. Les violations des règles de topologie sont tout d'abord stockées comme des erreurs dans la topologie, mais le cas échéant, vous pouvez les marquer en tant qu'exceptions. Les exceptions sont alors ignorées, bien qu'il soit possible de leur donner de nouveau un statut d'erreur, si vous décidez qu'elles représentent vraiment des erreurs et que les entités doivent être modifiées pour satisfaire aux règles de topologie.
Les exceptions sont une partie normale du processus de création et de mise à jour des données. La géodatabase d'un expert en évaluation immobilière doit avoir une règle de topologie selon laquelle les entités de bâtiments ne doivent pas couper les lignes des parcelles pour pouvoir contrôler la qualité de la numérisation des bâtiments. La règle doit être vraie pour 90 pour-cent des entités de la ville mais elle peut être violée quand il existe une forte densité de bâtiments commerciaux et à usage d'habitation.
Si vous créez une entité bâtiment condominium qui coupe des limites de parcelles, elle est identifiée comme erreur lorsque vous validez votre travail, mais vous pouvez la marquer comme une exception légitime à la règle. De la même manière, la base de données des rues d'une ville peut comporter une règle selon laquelle l'axe médian des chaussées doit être connecté aux deux extrémités à d'autres axes médians. Cette règle garantit normalement que les segments de rues sont correctement alignés sur d'autres segments de rue lors de l'édition. Toutefois, aux limites de la ville, il n'existe pas toujours de données de rues. Là, les extrémités externes des rues ne sont peut-être pas alignées sur d'autres axes médians. Ces cas doivent être marqués comme des exceptions, tout en vous permettant de continuer d'utiliser la règle pour rechercher les cas où la numérisation ou l'édition des rues s'est révélée incorrecte.