Quoique cela se produise rarement, il arrive qu'une géodatabase fichier ait été endommagée et que vous ne puissiez plus l'ouvrir. Cela se produit habituellement lorsqu'un ou plusieurs fichiers du répertoire de la géodatabase fichier ont été supprimés. Souvent, ces fichiers incluent les tables de la structure du système (qui contiennent les noms de fichiers) et les métadonnées de la géodatabase (fichiers GDB) qui définissent les relations et types de données complexes (topologies, réseaux géométriques, etc). L'outil Récupérer la géodatabase fichier permet d'ouvrir chaque table du répertoire de la géodatabase fichier, de lire l'en-tête du fichier et de créer une copie de la table dans une nouvelle géodatabase fichier. Si les tables de la structure du système existent toujours, les noms des tables sont préservés. Dans le cas contraire, des noms sont attribués.
L'outil Récupérer la géodatabase fichier ne peut récupérer que des classes d'entités (point, multi-points, polyligne, polygone) et des tables simples. Les données complexes (annotation, jeux de données raster, jeux de données réseau, réseaux géométriques, etc.) et les relations ne seront pas récupérées.