В редких случаях повреждения файловой базы геоданных не позволяют открыть ее. Такое, как правило, происходит в случае удаления одного или нескольких файлов из директории файловой базы геоданных. Чаще всего эти файлы содержат таблицы системных схем (содержащие имена файлов) и метаданных базы геоданных (файлы GDB), определяющие отношения и составные типы данных (топологии, геометрические сети и т. д.). Инструмент Восстановить файловую базу геоданных (Recover File Geodatabase) открывает каждую из таблиц в поврежденной файловой базе геоданных, считывает заголовки файлов и создает копию таблицы в новой файловой базе геоданных. Если таблицы системных схем все ещё присутствуют, то имена таблиц будут сохранены. Если нет, имена будут назначены.
Инструмент Восстановить файловую базу геоданных (Recover File Geodatabase) служит только для восстановления простых классов пространственных объектов (точек, мультиточек, полилиний и полигонов) и таблиц. Составные данные (аннотации, растровые наборы данных, наборы сетевых данных, геометрические сети и прочее) и отношения не будут восстанавливаться.