Инструмент Python, который вы хотите опубликовать, основан на установленном модуле а директории Python site-packages. Это инструменты не копируются на сервер.
Решение
Убедитесь, что инструмент Python установлен на компьютере с ArcGIS Server, прежде чем публиковать сервис геообработки. Если инструмент был уже установлен на сервер, вы можете игнорировать это предупреждение.
Более подробно
Подробнее о том, как расширить функциональные возможности геообработки с помощью Python