在地理数据库中，空间数据基于其表示的空间数据类型存储在单独的要素类和栅格数据集中。例如，道路、宗地和建筑物存储在三个不同的要素图层中。要使数据在显示和查询时进行整合，各要素图层必须以通用方式参考地球表面上的位置。坐标系提供了此框架。此外，坐标系还提供了以不同方式引用不同区域内的数据所需的框架。地理数据库中的每个图层都拥有一个坐标系，用于定义如何对图层位置进行地理配准。
在地理数据库中，坐标系和其他相关空间属性被定义为各数据集的空间参考的一部分。空间参考是用于存储各要素类和栅格数据集，以及其他坐标属性（例如，x,y 坐标的坐标分辨率及可选的 z 坐标和测量 (m) 坐标）的坐标系。如果需要，可使用表示表面高程的 z 坐标为数据集定义一个垂直坐标系。有关这些属性的介绍，请参阅空间参考的属性。