二维 R 树索引不同于传统的等级（一维）B 树索引。空间数据是二维的，所以无法使用 B 树索引组织空间数据。同样，使用 R 树索引不能表示非空间数据。R 树是一种用矩形表示结点的树状结构来组织数据的访问方法。
使用 R 树索引的搜索会对树结构进行降序排列，以便在感兴趣的一般区域内查找对象，并对对象本身进行测试。R 树索引可避免在感兴趣区域之外检查对象。如果没有 R 树索引，查询可能需要对每个对象进行评估才能找到与查询条件匹配的对象。
IBM Informix 使用 R 树索引执行空间查询。有关 Informix R 树索引的详细信息，请参阅《IBM Informix Spatial DataBlade 模块用户指南》。该手册中的内容可以在 IBM Knowledge Center 中找到。
在 PostgreSQL 中，R 树索引使用通用搜索树 (GiST) 索引基础架构实现。有关 GiST 索引的信息，请参阅 PostgreSQL 文档。