鉛直座標系は、高さと深さの値の始点を定義します。水平座標系と同様に、鉛直座標系の情報のほとんどは、別の鉛直座標系を使用する他のデータを表示するか、それらのデータをデータセットと組み合わせたい場合を除いて、必要になりません。
鉛直座標系において最も重要な部分は、計測単位と言えるでしょう。計測単位は（たとえば国際単位であるフィートまたはメートルのように）常に線形です。また、Z 値が高さ（標高）と深さのどちらを表すかも重要なポイントです。これらの Z 軸はそれぞれ正の「上」または「下」方向に伸びます。以下の図は、平均海面と平均干潮面の 2 つの鉛直座標系を示しています。平均海面は、高さ 0 の値として使用されます。平均干潮面は、深さに基づく鉛直座標系です。
高さに基づく平均海面座標系の Z 値が 1 つ示されています。平均海面線よりも下の参照ポイントはすべて、負の Z 値を持ちます。平均干潮面座標系には、Z 値が 2 つ関連付けられています。平均干潮面座標系は深さに基づくため、Z 値は正です。平均干潮面よりも上の参照ポイントはすべて、負の Z 値を持ちます。
ArcGIS Documentation フォルダにある geographic_coordinate_systems.pdf ファイルには、サポートされる鉛直座標系のリストが記載されています。